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1時間当たり20ミリ以上または1日当たり80ミリ以上の降雨で、農地や農業用施設が被災して現状復旧する場合、補助金を交付します。
給食センター等に野菜を納入後、交付申請を恵那市に提出すると、助成が受けられます（交付申請は半期に一度）。
助成の対象となるのは、市内で生産された野菜17品目（大根、玉ネギ、白菜、ジャガ芋、ナス、ニンジン、サツマ芋、キャベツ、ブロッコリー、ホウレン草、ネギ、きゅうり、トマト、いちご、栗、豚肉もも、豚肉ロース）です。
集落などを単位として設立された活動組織が市と協定を締結して、農地や水路などの基礎的な保全管理活動を行う「農地維持支払交付金」と、施設の質的向上を図る共同活動（軽微な補修、植栽による景観形成など）、施設の長寿命化のための活動を行う「資源向上支払交付金」があり、それぞれの活動に対して支援します。
経営所得安定対策では、担い手農家の経営の安定に資するよう、諸外国との生産条件の格差から生じる不利を補正する交付金（1.畑作物の直接支払交付金）と、農業者の拠出を前提とした農業経営のセーフティーネット対策（2.収入影響減少緩和交付金）を実施しています。
また、食糧自給率・食料自給力の維持向上を図るため、飼料用米、麦、大豆など戦略作物の本作化を進め、水田のフル活用を図る（3.水田活用の直接支払交付金）を実施しています。
農林作物への鳥獣被害を防ぐために防護柵を設置した場合、その材料費に対して一定割合で補助金が交付されます。
申請は、各農事改良組合長を通して行っていただきます。
「実質化された人・農地プラン」を策定した集落において、農業の将来計画を実践するため、集落を担う営農組織等の設立を目指す共同組織等へ農業用機械（スマート農業機械含む。）等の導入にかかる経費の一部を支援します。
郡上市では、青空市場や直売所等で販売される農産物が、安心・安全な方法で栽培、販売されるために、青空市場や直売所、農業生産者団体等が実施する残留農薬および放射性物質の安全値を確認するための自主検査に要する経費に対し、補助を行っています。
恵那市の農産物特産品として栗の普及を進め、面積の拡大及び品質の向上、新規就農者の発掘を図ります。
「東美濃『クリ地産地消（商）拡大』プロジェクトチーム」（恵那農林事務所、中山間農業研究所、JA、東美濃栗振興協議会、中津川市、恵那市）が、東美濃管内の栗栽培の振興や圃場管理、新規就農者の発掘など連携をとり行っています。
恵那市の栗の栽培面積は平成30年度で42ヘクタール（JA共販）です。
今後もさらなる栗栽培の普及を進め、面積の拡大及び品質の向上を図ります。
鳥獣による農作物への被害防止対策として、集落単位で設置する「ワイヤーメッシュ柵」、電気牧柵等の侵入防止柵を助成します。
地域計画のうち目標地図に認定農業者、認定新規就農者、集落営農、基本構想水準到達者（以下「認定農業者等」という。）の担い手が位置付けられていない地域計画において、その地域を担うこととなる小規模農業者が、効率的な営農継続に必要となる農業機械の導入費用に対して補助を行い、小規模農業者が地域農業の中心となるモデル地域を創出するための実証を行います。
