【買い手事業者向け】M&Aで会社を買うときに使える補助金とは？事業承継・M&A補助金を解説

公開日　2026/10/02

更新日　2026/10/02

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※記事内容は、記事更新日時点の情報です。最新の情報は、必ず省庁や自治体の公式HPをご確認ください。

こんにちは！補助金クラウド編集部です。

事業承継・M&A補助金は、事業承継やM&Aで発生する費用の一部を国が補助する制度です。

採択された事業者は、設備投資・専門家費用・PMI（統合）費用・廃業費用などについて支援を受けられます。

補助金には4つの申請枠がありますが、買い手企業が利用できるのは「専門家活用枠（買い手支援類型）」と「PMI推進枠」の2つです。

M&Aで事業拡大したい企業・買収後の統合を丁寧に進めたい企業は、本制度を活用することでM&Aの実行コスト・買収後の立ち上げコストの負担を軽減できます。

本記事では事業承継・M&A補助金について、買い手企業の視点から仕組みや申請のポイントを解説します。

事業承継・M&A補助金とは
- 制度の目的と4つの申請枠
- 申請の流れとスケジュール
買収時に使える「専門家活用枠（買い手支援類型）」
買収後の統合に使える「PMI推進枠」
買い手企業が事業承継・M&A補助金を活用するメリット
事業承継・M&A補助金についてよくある質問
- 複数の申請枠を併用することはできますか？
M&Aが成立しなかった場合でも補助金は受けられますか？
まとめ

事業承継・M&A補助金とは

事業承継・M&A補助金は、事業承継や合併・買収に伴う専門家費用、設備投資費用など、幅広い経費を対象に支援を受けられる制度です。

ここではまず、事業承継・M&A補助金の目的や概要を解説します。

事業承継・M&A補助金16次公募とは？前回15次公募との違いや制度概要を徹底解説

※記事内容は、記事更新日時点の情報です。最新の情報は、必ず公式HPをご確認ください。令和8年9月4日に、「事業承継・M&A補助金」16次公募の公募要領が公開となりました。これまでと同様に4つの枠で公募を行う予定で、令和8年10月...

制度の目的と4つの申請枠

事業承継・M&A補助金の主な目的は、後継者不在の解決や、経営資源の有効活用を通じた「中小企業の生産性向上」と「日本経済の活性化」です。

事業者には、以下の4つの申請枠が用意されています。

申請枠	主な目的・対象	特徴
事業承継促進枠	親族内承継や従業員承継に伴う設備投資等の支援	後継者が引き継いだ経営資源を活用するための投資を補助
専門家活用枠（※）	M&A（事業再編・事業統合）における専門家費用の支援	仲介手数料、FA費用、DD費用などが対象
PMI推進枠	M&A成立後の経営統合（PMI）に伴う費用の支援	シナジー効果を最大化するための計画策定やシステム統合等を補助
廃業・再チャレンジ枠	M&Aに伴う既存事業の廃業費用の支援	在庫廃棄や建物解体など、新たな挑戦のための廃業を後押し

（※）専門家活用枠には、さらに「買い手支援類型」「売り手支援類型」「小規模売り手支援類型」の3つの申請類型があります。
出典：「事業承継・M&A補助金」パンフレット

上記の申請枠のうち、買い手企業が利用できるのは「専門家活用枠（買い手支援類型）」「PMI推進枠」の2つです。

買い手企業は、自社の買収フェーズ（契約前か・成約後か）に合わせて最適な枠を選択・申請することになります。

申請の流れとスケジュール

補助金の受給には、決められた公募期間内に申請し、採択・交付決定を受けた後に事業を実施する必要があります。

補助金の申請（オンライン申請「Jグランツ」）は、以下の9ステップで進めてください。

STEP 1：公募要領・Webサイト情報の確認	本補助金の公募要領や公式サイトの掲載情報を確認し、補助事業の対象条件や要件についての理解を深める。
STEP 2：専門家活用等の検討	補助金の対象となる、M&A実施に際しての専門家活用（FA・仲介手数料やDD等）について具体的に検討を行う。
STEP 3： GビズIDプライムアカウントの取得（未取得の場合）	発行までに日数がかかる場合があるため、早めに準備する。
STEP 4：公募申請に必要な書類の準備	公募要領で定められている申請用の必要書類（確定申告書、決算書、履歴事項全部証明書など）を準備・手配する。
STEP 5：（任意）加点事由を証する書類の準備	任意で加点措置を受けたい場合は、加点事由に該当することを証明する各種書類（認定経営革新等支援機関による確認書など）を準備する。
STEP 6：オンライン申請Jグランツへのログイン・情報記入	電子申請システム「Jグランツ」にログインし、申請フォームに沿って事業者情報や公募申請に必要な情報を入力する。
STEP 7：必要書類の添付	Jグランツの申請フォーム上で、STEP 4およびSTEP 5で準備した必要書類・加点書類のデータをアップロードして添付する。
STEP 8：提出処理・完了の確認	記入内容および添付書類に不備がないか確認の上、提出処理を行う。提出完了画面および受付完了メール等で正常に送信されたことを必ず確認。
STEP 9：事務局からの差戻し・再提出依頼への対応（提出完了後）	事務局での確認作業において不備による差し戻しや再提出の依頼が届いた場合は、指示に従い速やかに対応する。

出典：中小企業生産性革命推進事業事業承継・M&A 補助金事業承継促進枠【公募要領】16次公募❘事業承継・M&A 補助金事務局

また、事前準備から事業終了までの流れは以下のとおりとなります。

出典：「事業承継・M&A補助金」パンフレット

2026年8月時点では、15次公募が終了しました。16次公募回の公募要領は、2026年9月4日に開示されています。

補助金の申請は、以下の期間内に行いましょう。

公募申請受付期間

2026年10月2日〜11月6日17時まで

※最新のスケジュールは事業承継・M&A補助金の公式サイトでご確認ください。

買収時に使える「専門家活用枠（買い手支援類型）」

「専門家活用枠（買い手支援類型）」は、M&A（事業再編・事業統合）を検討している買い手事業者が、仲介業者や士業などの専門家を活用する際にかかる費用を補助する制度です。

M&Aの検討から成約まで、いわゆる「入口」のコストを大幅に軽減し、リスクを抑えた買収を支援します。

この申請枠の概要は、以下を確認してください。

項目	内容
制度の目的	事業再編・事業統合を促進し、経済の活性化と生産性向上を図る
対象者	経営資源を譲り受ける予定の中小企業者・個人事業主（承継者）
補助率	2/3以内
補助上限額	最大800万円以内（基本600万円＋DD上乗せ200万円） ※廃業を伴う場合はさらに300万円加算
補助下限額	50万円
主な対象経費	仲介手数料、FA費用、DD費用など

出典：中小企業生産性革命推進事業専門家活用枠【買い手支援類型売り手支援類型】【公募要領】16次公募❘事業承継・M&A 補助金事務局

なお、売上高100億円を目指す企業が最低譲渡価額5億円以上の大規模なM&Aを行う場合は、「100億企業特例」の申請も可能です。

この場合、補助上限額は最大2,000万円まで引き上げられます。

制度の目的と対象者

専門家活用枠（買い手支援類型）は、円滑なM&Aの実施を後押しすることを目的とした制度です。事業承継やM&Aを促進することで、地域の雇用の維持や新たな需要の創造、経済の活性化を目指しています。

対象となるのは、他社の株式や事業など経営資源を譲り受ける、つまり買収する側の企業です。M&Aを通じて事業規模の拡大や新規事業への参入を図る中小企業・小規模事業者が主な想定対象となります。

補助対象経費

買い手企業は、経営資源を引き継ぐ際、専門家を活用する経費の一部について補助を受けられます。

具体的には、買収の検討から実施までに不可欠な以下の経費が対象です。

委託費	M&A仲介手数料（※）、ファイナンシャルアドバイザー（FA）費用（※）、価値算定費用、契約書作成・レビュー費用（弁護士費用）など
DD費用	財務、税務、法務、ビジネスなどの専門家による調査費用
謝金・旅費	専門家への相談謝礼や、M&Aの交渉・調査に伴う出張旅費
システム利用料	M&Aマッチングプラットフォームの登録料や利用料
保険料	M&Aの表明保証条項に係る損害を補償する表明保証保険の保険料
廃業費	M&Aに伴い既存事業を廃業する場合の解体費や原状回復費など

（※）仲介・FA費用は、中小企業庁の「M&A支援機関登録制度」に登録された業者に支払うもののみが対象
出典：中小企業生産性革命推進事業専門家活用枠【買い手支援類型売り手支援類型】【公募要領】16次公募❘事業承継・M&A 補助金事務局

補助上限額・補助率

補助率	2/3以内
基本の補助上限額	600万円
DD加算	上限額に200万円が加算（最大800万円）
廃業加算	さらに最大300万円が加算

出典：中小企業生産性革命推進事業専門家活用枠【買い手支援類型売り手支援類型】【公募要領】16次公募❘事業承継・M&A 補助金事務局

補助下限額は50万円で、これを下回る場合は受理されません。

また、補助事業期間内にM&Aが実現（クロージング）しなかった場合、補助対象となるのは、原則としてDD費用のみです。補助上限額は、300万円となります。

対象となる買い手企業の要件

専門家活用枠（買い手支援類型）を利用するには、以下の要件を満たす必要があります。

申請者の属性	・資本金や従業員数が中小企業基本法の定義を満たす中小企業者等であること・法人の場合は設立登記および3期分の決算・申告、個人事業主の場合は開業届出から5年が経過しており、直近3期分の確定申告の実績があることが必要
M&Aの実施・成約	原則として補助事業期間内に専門家と契約し、M&Aの基本合意または最終契約（クロージング）に至る事業であること
DDの実施	対象となるM&Aにおいて、専門家によるDDを実施すること
実質的なM&A	グループ内再編や親族間承継、物品・不動産のみの売買などは対象外
デジタル申請	「GビズIDプライムアカウント」の取得が必須
シナジー効果	買収によって売上拡大やコスト削減など、具体的なシナジー効果が見込める事業計画であること
地域への貢献	地域の雇用を維持・創出したり、地域の強みを活用したりするなど、地域経済全体を牽引する事業を行うことが見込まれること

出典：中小企業生産性革命推進事業専門家活用枠【買い手支援類型売り手支援類型】【公募要領】16次公募❘事業承継・M&A 補助金事務局

本制度では、M&Aプロジェクト自体が補助に値するかどうかが厳しく審査されます。

買収後の統合に使える「PMI推進枠」

M&Aは会社を買収して終わりではありません。買収後には、組織や業務、システムなどを統合し、期待したシナジーを実現するための「PMI（Post Merger Integration：経営統合）」が重要になります。

「PMI推進枠（PMI専門家活用類型）」は、買収後の経営統合に必要な専門家への委託費などを補助する制度です。申請枠の概要は、以下のとおりとなります。

項目	内容
制度の目的	M&A後の経営統合を促進し、シナジーの創出や生産性向上を図る
対象者	M&Aで経営資源を譲り受けた（または予定の）中小企業者・個人事業主
補助率	1/2以内
補助上限額	150万円以内（既存事業の廃業を伴う場合は＋最大300万円）
主な対象経費	統合計画策定、人事・給与制度の見直し、ITシステム統合等の専門家費用

出典：中小企業生産性革命推進事業事業承継・M&A 補助金事業承継促進枠【公募要領】16次公募❘事業承継・M&A 補助金事務局

制度の目的と対象者

PMI推進枠は、M&A成立後の統合プロセスを促進することが主な目的です。投資しないことによって生じる非効率（ディスシナジー）の解消やコストシナジーの創出を強く後押しすることで、M&A成立後の中小企業の生産性向上と地域経済の活性化を図ります。

対象となるのは、日本国内に拠点を持つ中小企業者または個人事業主で、M&Aによって経営資源を譲り受けた（単独申請）、あるいは補助事業期間内に譲り受ける予定（同時申請）の「買い手（承継者）」です。

補助対象経費

補助対象となるのは、PMIを円滑に進めるための専門家への委託費や謝金、旅費などです。

具体的な委託内容の例として、以下のものが挙げられます。

統合計画（100日プラン）の策定：クロージング後の具体的な行動計画づくり
経営体制の整備：経営理念・ビジョンの作成やグループ経営の仕組み作り
人事・給与制度の見直し：就業規則の統合、人事評価制度の設計、人材配置の最適化
会計・税務の統合：会計方針の統一、連結決算体制の構築、PPA（取得原価配分）の算出
業務ワークフローの改善：販売チャネルの拡大、生産現場の改善、サプライヤーの見直し
ITシステム統合：管理システムの統合に向けたITコンサルティング

説明会の開催や個別面談といった「信頼関係構築」に関わる費用、士業との顧問契約の範囲内の対応などは、補助対象になりません。

補助上限額・補助率

PMI推進枠の補助率および補助額の設定は以下のとおりです。

補助率	1/2以内
補助上限額	150万円以内
補助下限額	50万円
廃業加算	さらに最大300万円が加算

出典：中小企業生産性革命推進事業事業承継・M&A 補助金PMI 推進枠【PMI 専門家活用類型】【公募要領】16次公募❘事業承継・M&A 補助金事務局

本申請枠は、「専門家活用枠」との同時申請が可能です。ただし、補助事業期間内にM&Aが実現（クロージング）しなければ、PMI推進枠の補助金も交付対象外となります。

対象となる企業要件

PMI推進枠の対象となるのは、以下の要件を満たす企業です。

申請者の属性	・資本金や従業員数が中小企業基本法の定義を満たす中小企業者等であること・法人は設立から3期分の決算、個人事業主は開業から5年経過の実績が必要
M&Aの実施時期	・単独申請の場合：公募申請期日から遡って3年以内にクロージングしたM&Aであること・同時申請の場合：交付申請時に対象M&Aの最終契約を締結しており、補助事業期間内に完了予定であること
DDの実施	対象となるM&Aにおいて、専門家によるDDを実施済みであること
専門家の活用	金融機関、士業（弁護士・公認会計士等）、経営コンサルタント等の専門家を活用してPMIに取り組むこと
実質的なM&A	グループ内再編や親族間承継、物品・不動産のみの売買などは対象外
デジタル申請	「GビズIDプライムアカウント」の取得が必須

出典：中小企業生産性革命推進事業事業承継・M&A 補助金事業承継促進枠【公募要領】16次公募❘事業承継・M&A 補助金事務局

買い手企業が事業承継・M&A補助金を活用するメリット

M&Aによる買収は多額の資金と専門知識を要する取り組みであり、中小企業にとってはハードルの高い経営判断です。

事業承継・M&A補助金を活用することで、資金負担の軽減だけでなく、買収プロセス全体の質を高める効果も期待できます。

ここでは、買い手企業が補助金を活用する主なメリットを紹介します。

資金面でのリスクを軽減しながら買収を進められる

M&Aでは、買収対価以外にもFA・仲介会社への報酬やDD費用など、多額の専門家費用が発生します。特に中小企業では、こうした初期費用がM&Aの大きな負担となるケースも少なくありません。

専門家活用枠（買い手支援類型）を利用すれば、これらの費用の最大2/3、上限800万円（廃業を伴う場合は最大1,100万円）まで補助を受けることが可能です。

複数の候補先を比較検討する段階では専門家費用がかさみやすく、資金負担が買収の障壁となるケースも少なくありません。

補助金の下支えで買収検討の選択肢が広がれば、企業は成長戦略として積極的にM&Aを検討できます。

買収後のトラブルや予期せぬリスクを回避しやすくなる

本補助金の受給には、補助対象経費に計上するか否かにかかわらず、専門家によるDDの実施が必須要件となっています。

対象企業の財務・法務・労務・事業面のリスクを事前に洗い出すことで、買収後に発覚しがちなトラブルを未然に防ぎやすくなる点も大きなメリットです。

十分なDDを実施せずに買収を進めると、隠れ負債や労務問題、コンプライアンス違反などが後から判明し、想定外のコストや経営リスクにつながる可能性があります。

実績のある弁護士や公認会計士などの専門家にDDを依頼すれば、買収判断の精度も高まります。

統合後のシナジー実現を専門家・投資の両面から後押しできる

M&Aの成否には、その後の経営統合（PMI）が大きく影響します。組織や業務フロー、システムなどの統合が円滑に進まないと、期待していたシナジーを十分に発揮できない可能性があります。

PMI推進枠を活用すれば、統合計画の策定や業務・組織・会計制度のすり合わせといった専門家によるソフト面の支援や設備投資などのハード面の投資も補助対象とすることが可能です。

専門家の知見と設備投資の両面から統合を後押しできる点は、買収後のシナジーを早期に実現するうえで大きな強みとなります。

事業承継・M&A補助金についてよくある質問

事業承継・M&A補助金の申請を検討する際、多くの事業者が疑問に感じる「申請枠の併用」と「M&Aが不成立だった場合の扱い」について解説します。

複数の申請枠を併用することはできますか？

一部の申請枠については、併用が可能です。

例えば、専門家活用枠とPMI推進枠（PMI専門家活用類型）は、同一の公募回で同時に申請することができます。M&A成立前の専門家費用は専門家活用枠、成立後の統合フェーズはPMI推進枠と、フェーズごとに使い分けながら併用する形です。

ただし、この場合は、専門家活用枠と同一の補助対象者で申請する必要があります。

さらに、廃業・再チャレンジ枠は、専門家活用枠やPMI推進枠の申請フォームから廃業費として上乗せ申請できます。

「売り手側が複数の対象会社を異なる承継者に譲渡する場合」などの例外をのぞき、申請は、原則として1公募につき1申請のみ可能です。

なお、国の他の補助金と同一の事業内容・同一の経費項目で、重複して受給することはできません。

全国：中小企業生産性革命推進事業事業承継・M&A補助金/15次公募

事業承継・M＆A補助金は、事業承継を契機として新しい取り組み等を行う中小企業等及び、事業再編、事業統合に伴う経営資源の引継ぎを行う中小企業等を支援する制度です。※16次公募：全枠実施

M&Aが成立しなかった場合でも補助金は受けられますか？

M&Aが補助事業期間内にクロージング（成約）しなかった場合でも、専門家活用枠については一定の条件のもとで補助金を受けられます。

専門家活用枠の補助上限額は一律300万円以内、補助対象経費は、原則としてDD費用のみです。一方、PMI推進枠については、専門家活用枠と同時申請している場合でも対象外となります。

ただし自己都合によるM&A不成立については、全ての経費が補助対象外です。交付決定の取り消しや返還を求められる可能性があります。

注意点は、M&Aが成立しなかった場合でも実績報告時には「未成約時の追加報告書」などの提出が必要となる点です。事業化状況報告の義務も継続されるため、その後3年間は報告を続けなければなりません。

まとめ

事業承継・M&A補助金を利用すれば、専門家費用の負担を軽減できます。成約前の比較検討を進めやすい・買収後の統合も見据えやすいなどのメリットがあり、M&Aにおける資金面のハードルを下げたい企業には特に有益な補助金です。

ただし申請から採択前後のプロセスは多く、事務的な難易度は継続します。申請に不安のある事業者は、専門家の支援を受けることも検討しましょう。

事業承継・M&A補助金のご相談はこちら。