はい、申請は可能です。ただし、補助事業に関わる賃上げ対象の従業員・役員が必要です。補助事業に関わる従業員及び役員の判定が困難な場合は、事業部門を超える範囲（例えば、事業者全体）での数値で申請することも可能です。
賃上げの期間については、従業員1人当たり給与支給総額の判定を事業者全体で行った場合、事業報告期間に関してもそのまま事業者全体の数値で判断し、賃上げ目標値の実現が必要です。